Model struktur organisasi Departemen Biologi yang diajukan berbasis pada:
- Pemberdayaan semua unsur Departemen, baik SDM maupun unsur yang lain (sarana dan prasarana);
- Mengutamakan pada kerja bersama yang kompak (team work);
- Pengambilan kebijakan diupayakan atas dasar musyawarah dan mufakat; dan
- Memberikan keleluasaan dan kesempatan seluas-luasnya kepada semua unit di Departemen, khususnya laboratorium dan Kelompok Bidang Keahlian, untuk mengembangkan diri. Keleluasaan ini diberikan dengan mendelegasikan kewenangan dan tanggung jawab sebanyak mungkin kepada unit-unit di Departemen.
Departemen Biologi diketuai oleh seorang Ketua Departemen. Dalam tugasnya, Ketua Departemen dibantu oleh Sekretaris Departemen, Kepala Laboratorium, dan Koordinator Program Studi (Korprodi). Departemen Biologi memiliki 4 (empat) Korprodi, yaitu Korprodi S1 Pendidikan Biologi, Korprodi S1 Biologi, Korprodi S2 dan S3 Pendidikan Biologi, dan Korprodi S2 Biologi.
Proses berfungsinya departemen juga didukung oleh Satuan Tugas yang ditugaskan melalui SK Dekan. Satuan Tugas (Satgas) yang terdapat di Departemen Biologi adalah Satgas Kurikulum, PPG, GPM dan Pengecekan Plagiasi, Jurnal, Pengelola Herbarium, Wirausaha, Pengelola Dokumen dan Website Departemen, PKL/PPL, Pembina HMJ, dan Alumni.
Dosen departemen Biologi membentuk Kelompok Bidang Keahlian, melalui Surat Keputusan Dekan FMIPA. Kelompok Bidang Keahlian di Departemen Biologi adalah:
- Pendidikan Biologi
- Genetika & Biologi Molekular
- Mikrobiologi
- Ekologi & Lingkungan
- Struktur, Fungsi & Perkembangan

- Dalam kaitan tugas dan fungsi Kepala Laboratorium Biologi, Ketua KBK, dan Satgas Departemen bertanggung jawab langsung kepada Ketua Departemen/Sekretaris Departemen Biologi
- Dalam kaitannya dengan pengembangan dan layanan laboratorium Ketua laboratorium Biologi bertanggung jawab langsung kepada Ketua Departemen Biologi.
- Kepala Laboratorium Biologi hanya berperan sebagai koordinator layanan dan administrati pelaksanaan kegiatan laboratorium secara keseluruhan (pengadaan alat dan bahan, pengaturan jadwal penggunaan laboratorium sampai layanan laboratorium kepada dosen, mahasiswa dan masyarakat yang memerlukan bantuan.
- Laboratorium dipimpin seorang Koordinator Laboratorium yang diberi kewenangan dan tanggung jawab penuh untuk mengelola dan mengembangkan laboratorium untuk meningkatkan mutu layanan laboratorium kepada dosen, mahasiswa dan masyarakat yang memerlukan.
- KBK (Kelompok Bidang Keahlian) adalah kumpulan/kelompok dosen berdasarkan keahlian yang sama atau serumpun untuk mengembangkan keahlian masing-masing, baik dalam bidang ilmunya, pengajaran, dan pengabdian kepada masyarakat (Tri Dharma PT). KBK dipimpin seorang Ketua KBK.
- Dalam kaitannya untuk meningkatkan mutu layanan dan pengembangan akademik antar Ketua KBK dan Koordinator Laboratorium harus saling berkoordinasi secara timbal balik di bawah persetujuan Kepala Lab Biologi dan Ketua/Sekretaris Departemen Biologi.
- Satgas Departemen dibentuk oleh Ketua/Sekretaris Departemen sesuai dengan kebutuhan pengembangan Departemen. Satgas bertugas membantu pimpinan Departemen Biologi dalam melaksanakan Tri Dharma Perguruan Tinggi. Satgas dapat berarti sekelompok dosen atau satu dosen saja. Satgas yang dipandang perlu untuk pengembangan Departemen adalah: satgas kurikulum, PPG, GPM dan pengecekan plagiasi, jurnal, pengelola herbarium, wirausaha, pengelola dokumen dan website Departemen, PKL/PPL, pembina HMD, dan alumni. Ketua satgas dapat dirangkap oleh ketua Departemen, sekretaris Departemen, atau kepala laboratorium.
- Mahasiswa dapat berhubungan secara langsung dengan semua unit di Departemen, tetapi untuk kebutuhan administrasi formal hanya dapat dilayani oleh Ketua/Sekretaris Departemen serta Kepala Laboratorium Biologi, seperti surat perijinan untuk hal yang terkait dengan layanan dan pengembangan laboratorium.
- Penugasan Koordinator Laboratorium atau Ketua KBK dilakukan pimpinan Departemen Biologi dengan pertimbangan Kepala Laboratorium Biologi.
- Setiap unit pelaksanaa/satgas di Departemen Biologi menyusun laporan kemajuan diakhir Bulan Juni, dan menyusun laporan akhir tahun pelaksanaan program dan pendanaannya untuk disampaikan kepada pimpinan Departemen Biologi.